Как правильно не имеет значения?

Правильное написание слова "не имеет значения" зависит от падежа, в котором оно употребляется в предложении.

Если слово "значение" отвечает на вопрос "что?", то пишется с окончанием на "е" в именительном или винительном падежах единственного числа. Например: Мы не смогли определить значение силы тока. Какое значение приняла переменная? Слово имеет всего одно значение.

Если слово "значения" отвечает на вопрос "чего?", то пишется с окончанием на "я" в родительном падеже единственного числа или в именительном и винительном падежах множественного числа. Например: Это всё уже не имеет никакого значения. У этой величины нет значения. Мы определили значения всех переменных.

Таким образом, правильно будет использовать слова "значение" или "значения" в зависимости от падежа и контекста предложения.